Le poisson, organisme intégrateur par excellence puisqu’il se situe en bout de la chaîne alimentaire, apparaît comme un très bon indicateur de l’ensemble des perturbations du milieu.
Les populations sont recensées lors de pêches électriques et le suivi de leur démographie constitue l’'indice poisson rivière (IPR).

Cet indice correspond à l’écart entre le peuplement observé localement et un peuplement de référence (peuplement théorique d’un cours d’eau de même type en l’absence de perturbations anthropiques). L’IPR est normalisé.